宇宙大帝(Unicron),一颗由古怪老(Primacron)制造的行星,在宇宙中游荡。他慢慢地 靠近塞伯坦(Cybertron)。随着时间的推移,狂派已经征服了整个塞伯坦行星。而博派仅 仅占据着塞伯坦的两颗卫星。
不过,狂派并没能从博派手中得到地球。擎天柱(Optimus Prime)在卫星基地一号(Moon Base One)上命令铁皮(Ironhide)驾驶飞船从地球运回一 些能量块。与此同时激光鸟(Laserbeak)将这一信息报告给了威震天(Megatron),于是威 震天带领着他的狂派手下们攻击了铁皮他们的飞船,并杀害了飞船上所有的博派战士: 大汉(Brawn)、警车(Prowl)、救护车(Ratchet)还有铁皮(Ironhide)。利用这艘飞船,狂 派顺利的通过了博派在地球外围设置的预警区域。
当飞船靠近博派基地的时候,丹尼尔 (Daniel)注意到了飞船上的大洞。热破(Hot Rod)立刻攻击来船,然而狂派已经非常接近博派基地了。 激烈的战斗打响了,包括千斤顶(Wheeljack)和充电器(Windcharger)在内的很多博派战士被杀害。录音机(Blaster)向擎天柱(Optimus Prime)发出了紧急求救信号,但是狂派的磁带机器人很快破坏了通信设备。次日晨,博派看起来已经没有希望了。由挖地虎(C onstructicons)组合而成的大力神(Devastator)破坏掉了博派的很多防御系统。擎天柱 (Optimus Prime)驾驶的增援飞船终于在危难关头出现在战场的上空,他指挥恐龙派(Di nobots)提前离开飞船投入战斗,使之成功的扼制了大力神的嚣张气焰。
飞船着陆了,擎天柱在狂派的战线里杀出了一条血路,直到见到威震天。一场英勇的搏斗开始了。最后威震天求饶了,但是那只是一个幌子,一边麻痹着擎天柱,一边他抓过一把枪。热破看到了,扑向威震天。威震天借势抓住热破并利用他作掩护向擎天柱射击 。擎天柱倒下了,威震天推开了热破,慢慢地走向已经重伤的擎天柱,但是突然,擎天柱用尽全身的力气向威震天打去。威震天倒下了,紧接着擎天柱也倒下了。 红蜘蛛(Starscream) 幸灾乐祸的站在失败了的威震天身旁。最后他成为了狂派的领导, 并命令大家撤退。狂派们从四面八方逃向大火车(Atrotrain),其中一些还抱着伤员。声波(Soundwave)抱着威震天逃离了战场。博派因为这意想不到的胜利而感到惊喜,但是很快他们又因为擎天柱的致命伤而悲伤。擎天柱在他的病床上选择了他的接班人:通天晓(Ultra Magnus)。他把领导模块传给了通天晓,然后死去。
在这期间,狂派碰到了他们的问题:大火车装满了狂派,如果不减轻重量他就不能到达塞伯坦。红蜘蛛命令将所有伤员抛出去。他非常满足的亲手将威震天抛了出去。威震天 和其他狂派伤员们在宇宙中飘荡了很长时间,最后他们遇到了宇宙大帝。宇宙大帝许诺修好威震天和其他狂派伤员,作为条件,威震天必须去摧毁领导模块(Matrix),因为领导模块是唯一能消灭宇宙大帝的东西。威震天十分不情愿地答应了条件。威震天不仅被修理好了,而且被改造成了惊破天(Galvatron)。包括炸弹(Bombshell)、惊天雷(Thund ercracker)、闹翻天(Skywarp)在内的其他狂派伤员们被改造成了狂飙(Cyclonus)、瘟疫(Scourge)以及扫荡队员们(Sweeps)。 惊破天首先来到塞伯坦,杀掉了正在举行为自己加冕的仪式的红蜘蛛,夺回了狂派的领导权。这时宇宙大帝接近了塞伯坦,消灭了塞伯坦的两颗卫星。司派克(Spike)、大黄蜂 (Bumblebee)、爵士(Jazz)和飞过山(Cliffjumper)被吸进了宇宙大帝体内。
惊破天因此而非常愤怒,但是宇宙大帝让他认识到自己只不过是宇宙大帝的一个娄罗。惊破天向地球进发去寻找通天晓消灭领导模块。博派从两个卫星基地上收到了求救信号,正要登上飞船。这时,惊破天带领着狂派攻了过来。博派成功的起飞了飞船,但是狂派紧紧的在后面追击。狂飙击落了热破、杯子和机器恐龙们所乘坐的飞船,飞船坠落到了五面怪行星(Quintessa)上。惊破天摧毁了通天晓、阿尔茜(Arcee)、弹簧(Springer)、罗嗦(Blurr)、感知器(Percepter)和丹尼尔(Da niel)乘坐的飞船。突然,惊破天感到一阵剧痛,命令把他带到宇宙大帝那里。
热破和杯子被一些鲨鱼怪(Sharkticons)抓住并带到了五面怪(Quintessons)的法庭上。 他们被判处死刑。(五面怪宣布他们无罪也就意味着死刑)他们被扔到了满是鲨鱼怪的池子里。他们和鲨鱼怪战斗了很长时间,就要坚持不住了。与此同时,机器恐龙交了一个新朋友:转轮(Wheelie)。转轮领着他们来到了鲨鱼怪池,机器恐龙用武力使鲨鱼怪服服帖帖,并转而去攻击五面怪。在这段历史中五面怪第二次被他自己制造的生物追的逃之夭夭。转轮还告诉大家哪里能找到飞船,然后一起离开了五面怪行星。 通天晓和其他的博派及时的将飞船的驾驶舱分离了出来,他们在飞船分离下来的部分里很难到达塞伯坦。
感知器建议在垃圾(Junk)行星上着陆。这颗行星实际上是宇宙中的一个大垃圾场。惊破天见到了宇宙大帝,他被告知通天晓还活着,现在正在垃圾行星上。 惊破天再一次出发去摧毁领导模块。通天晓和其他的博派正在修理飞船,这时惊破天来了。惊破天摧毁了飞船,博派开始逃跑。通天晓把博派领到了安全地带转身独自面对惊破天并试图用领导模块阻止他。惊破天命令扫荡队员干掉通天晓,通天晓被炸成了碎片。惊破天拿到了领导模块并打算以此来控制宇宙大帝。 惊破天和狂派离开后,博派从藏身之处走了出来。他们因为通天晓的死去和领导模块的丢失而难过,然而很快舢板部队(Junkions)的出现驱走了他们的悲伤。
营救车(Wreck-G ar)——舢板部队的领导——领导他的部下和博派打了个难解难分,因为他们把博派当成了侵略者。正当战势开始对博派不利的时候,一艘飞船出现在战场上空。飞船着陆后, 舱门打开了,热破和其他人从飞船里走了出来。热破成功的联合了舢板部队,使他们同意帮助博派一起攻打宇宙大帝,舢板部队甚至还帮忙修复了通天晓。 惊破天因为不会使用领导模块而使他反对宇宙大帝的计划破产了。宇宙大帝从行星形态变形到了巨型机器人形态。他吞下了惊破天并开始对塞伯坦进行进攻。振荡波(Shockwa ve)命令所有在塞伯坦上的狂派进行反击保卫塞伯坦。在战斗中振荡波牺牲了(从Internet上得来的消息说,因为电影审查机构的原因,他死去的部分被剪辑掉了)。
博派乘坐着五面怪的飞船和舢板部队的飞船赶来了。承载着热破、杯子、阿尔西、弹簧以及丹尼尔的五面怪飞船被打中了,热破驾驶着飞船撞碎了宇宙大帝的一只眼睛冲进了宇宙大帝体内。在宇宙大帝的体内他们走散了。丹尼尔发现了他的爸爸、大黄蜂、飞过山还有爵士。丹尼尔成功的把他们从消化池上救了下来。热破遇到了惊破天,他们为争夺领导模块搏斗了起来。最后热破在危机时刻碰到了领导模块,领导模块的力量传到了热破的身上。这时,擎天柱的声音从领导模块中传了出来:“成长起来吧,补天士(Rodimus Pri me)!”热破此时因为领导模块的力量成长成为了新的机器人——补天士。补天士紧接着过去抓起惊破天,把他从宇宙大帝体内抛了出去,惊破天消失在深深的宇宙中了。之后,补天士
打开了领导模块,将